В соответствии с Указом Президента Республики Узбекистан от 2 мая 1996 года  (УП - № 1460)  Банковско-финансовая академия осуществляет подготовку специалистов руководящего звена для финансово-кредитной и налоговой системы республики с присвоением степени магистра, на уровне мировых стандартов.

Основными задачами в подготовке магистров являются обеспечение высококачественного обучения на основе современных международных образовательных программ с помощью высококвалифицированных специалистов, зарубежных экспертов международных финансовых институтов. Первоначально, со дня основания академии подготовка высококвалифицированных специалистов осуществлялась по 5 направлениям:

• монетарная политика и денежное обращение
• финансовый менеджмент , управление активами и пассивами
• комплексная экспертиза и финансирование инвестиционных проектов
• операция на международных финансовых рынках
• банковский аудит

В структуре академии насчитывалось 3 факультета, 10 кафедр.

Сегодня подготовка кадров осуществляется по 16 направлениям, уже насчитывается 4 факультета, 11 кафедр.

У истоков создания академии стоял первый ректор профессор Ачилов Мирсобит Фазылович. С 2001 по 2009 года  Ачилов М.Ф. был Чрезвычайным и Полномочным Послом Республики Узбекистан в Японии.

В 2003 году ректором академии был назначен профессор Касымов Р.С., который в настоящее время является ректором Университета мировой экономики и дипломатии Республики Узбекистан

В 2006 году ректором академии был назначен профессор Ходиев Б.Ю., который в настоящее время является Министром  высшего и среднего специального образования Республики Узбекистан

С 1997 года академия является членом-корреспондентом Европейской системы обучения банковскому делу (ЕВТN). Один из ведущих членов ЕВТN, находящийся в крупнейшем финансовом центре в Люксембурге Агентство по передаче финансовых технологий (АТТF), с 2003 года ежегодно проводит в БФА четыре постоянно действующих сертифицированных семинара по Банковскому делу с участием зарубежных экспертов таких как: проф.Жак Грожон - научный директор агентства (АТТF), проф. Роджер Клайссенс - ведущий консультант в области рыночного управления в странах Восточной Европы и Дальнего Востока, проф. Грэм Чешир - главный финансовый советник Европейского Инвестиционного банка.

С 2001 года Банковско-финансовая академия стала Институциональным членом Ресурсной сети по экономическому и бизнес образованию (РСЭБО), администрируемая Агентством США по Международному Развитию (ЮСАИД) и Корпорацией Карана.

В развитии международной деятельности академии огромное содействие оказывает Исполнительный директор Банка Развития Японии, профессор Университета Васеда, почетный профессор, советник академии г-н Тошихару Китамура, выполнявший обязанности Первого проректора с 1996 по 2003 г.г.

В 2003 году Указом Президента РУз г-н Т.Китамура был награжден орденом «Дустлик» за большой вклад в укреплении дружбы и сотрудничества между Республикой Узбекистан и Японией, заслуги в подготовке высококвалифицированных кадров для банковской и финансовой системы республики.

Знаменательным событием в жизни академии стали визиты руководителей института:

• Визит Президента Института монетарной и фискальной политики г-на Харухико Курода. Во время пребывания в Ташкенте он выступил перед слушателями и профессорско-преподавательским составом академии на тему: «Официальная помощь Японии в развитии Узбекистана». В результате его успешного визита и переговоров в Узбекистане был подписан договор о первой летней стажировке слушателей БФА в Токио.
• Визит Президента Института монетарной и фискальной политики г-на Сеи Накаи с целью ознакомления с деятельностью академии и продолжения дальнейшего сотрудничества с БФА в подготовке кадров.
• Визит Президента Института г-на Ватанабэ Хироясу
• Визит Вице- президента Института г-на Шигеки Моринобу
• Визит Вице – Президента Института г-на Шигео Кашиваги
• Визит Вице – Президента Института г-на Фужики Хаяши
• Визит Вице – Президента Института г-на Масатаке Нишимура

Продолжая деятельность Т.Китамуры, выполняя обязанности первого Проректора БФА, Советник Бюро по таможне и тарифам Министерства финансов Японии г-н К.Когучи проявлял большой интерес и участие в подготовке кадров для банковского и финансового сектора Республики.

В мае 2003 года решением Ученого Совета академии Министру финансов Японии г-ну Масаджуро Шиокава присвоено звание «Почетного Доктора» Банковско-финансовой академии.

В ноябре 2003 г. была достигнута обоюдная договоренность руководства БФА и Института стратегических исследований Министерства финансов Японии о привлечении на обучение в очную магистратуру БФА РУз с последующей стажировкой в Министерстве финансов, в крупных банках и в налоговой системе Японии работников банковской, финансовой и налоговой системы стран Центральной Азии (Казахстан, Кыргызстан и Таджикистан).

В октябре 2005 года решением ученого Совета Первому Проректору г-ну К.Когучи присвоено звание «Почетного Проректора БФА». Он проявил большой интерес и участие в подготовке кадров для банковского и финансового сектора Республики.

С января 2006 г. обязанности первого проректора академии выполнял профессор университета Ретсумейкан г-н Шузо Накамура.

В настоящее время 1-ым проректором Академии является г-н Шигео Кашиваги, Профессор Университета Кейогиджуку – Keiogijuku University, (Япония)

Знаменательным событием для академии явилось подписание  Меморандума о сотрудничестве между Банковско-финансовой Академией и Корейским институтом финансов во время визита Президента Республики Узбекистан в Корею.