Факультет повышения квалификации функционирует с первого дня создания Академии и является ее функциональным подразделением, осуществляющим переподготовку и повышение квалификации руководителей и специалистов для банковско-финансовой системы.

Вся деятельность факультета направлена на реализацию требований Национальной программы по подготовке кадров, составной частью которой является организация эффективной подготовки, переподготовки и повышения квалификации кадров банковско-финансового профиля. Деятельность Факультета повышения квалификации базируется на сочетании перспективных (рассчитанных на 2-3 года) и текущих (годичных) планах работы факультета, которые тесно связаны с планами учебной деятельности общих и специализированных кафедр академии, а также планами работы других функциональных подразделений академии, включая учебную часть, учебно-информационный компьютерный центр, научный центр, библиотеку и другие.

Результатом проводимой силами факультета работы служит тот факт, что за последние три года здесь обучено больше руководителей и специалистов банковских, финансовых и налоговых органов, чем за предыдущие шесть лет. Общее же количество обученного контингента составило 2302 руководителей и ведущих специалистов банковско-финансовых органов, работающих в различных регионах республики. Из общего количества обученных на ФПК слушателей более 76% приходится на банковских специалистов, 8,5% — на работников финансовых органов и 5,5% — на работников налоговых органов.

В соответствии с поручением Ассоциации банков Узбекистана разработаны новые учебные программы для проведения семинаров по проблемам микрокредитования, расширения масштабов микрофинансовых услуг коммерческих банков для малого бизнеса, внедрения пластиковых карточек и активизации андеррайтинговых операций коммерческих банков на рынке корпоративных облигаций.

На сегодняшний день в академии разработаны учебные программы для проведения лицензированных курсов по следующим  направлениям:

- Анализ деятельности финансово-хозяйственных предприятий и финансовый аудит

- Оценка имущества и финансовое состояние предприятий

- Осуществление деятельности в качестве профессиональных участников на рынке ценных бумаг

Программы направлены в Государственный Центр тестирования для аккредитации.