Научно-исследовательская деятельность в Банковско-финансовой академии осуществляется на кафедрах и в Центре исследований развития банковско-финансовой системы.

Научные исследования в академии проводятся в следующих направлениях:

• углубление реформирования в банковско-финансовой сфере Республики Узбекистан
• совершенствование налогово-бюджетной и денежно-кредитной политики
• развитие рынка ценных бумаг и биржевое дело
• совершенствование бухгалтерского учета и аудита в банковской системе
• использование методов математического анализа при банковских операциях и др.

Ежегодно проводятся международные научно-практические конференции с участием международных специалистов и экспертов в БФА по актуальным вопросам реформирования банковско-финансовой и налоговой систем. Так, только в 2008 г. При участии учёных и профессорско-преподавательского состава академии было проведено 6 конференции. Разработанные творческим коллективом рекомендации конференций направляются в банковско-финансовую систему и налоговые органы.

Существенным направлением участия слушателей Академии в научной деятельности является написание ими магистерских диссертаций. Магистерская диссертация выполняется по тематике кафедр на основе предложений Центробанка, Минфина, Государственного налогового комитета, Ассоциации банков Узбекистана, коммерческих банков республики и др. Слушатели также во время подготовки диссертации обязательно готовят 1-2 научные публикации.

БФА является одним из исполнителей научно-исследовательских работ Комитета по координации развития науки и технологий при Кабинете Министров Республики Узбекистан – «ККРНТ». За истекший период к исследованиям ККРНТ было привлечено свыше 50 ученых и практиков. Научным коллективом академии разработано и сдано в ЦНТ 9 научных отчетов общим объемом 155,0 п.л.

По итогам конкурса Комитета по координации развития науки и технологий при Кабинете Министров Республики Узбекистан на 2006-2008 гг. два научных проекта академии завоевали гранты — «Разработка программных средств автоматизации оценки рисков инвестиционных проектов» и «Повышение роли налогов в экономическом росте Узбекистана и в стимулировании предпринимательства». В 2007 г. ёще один проект «Развитие инвестиционной деятельности коммерческих банков за счёт организации финансово промышленных групп».

В академии функционирует Специализированный Совет по защите докторских диссертаций по специальностям 08.00.07 – «Финансы, денежное обращение и кредит», 08.00.08 – «Бухгалтерский учёт, экономический анализ и аудит», 08.00.04 – «Экономика агропромышленного комплекса».

По заказу Комитета по координации развития науки и технологий при Кабинете Министров Республики Узбекистан были выполнены следующие научные исследования:

     Актуальные вопросы становления финансового рынка в Узбекистане;

     Проблемы активизации роли коммерческих банков на фондовом рынке;

     Актуальные вопросы государственного регулирования финансового рынка и рынка ценных бумаг;

     Макроэкономические аспекты монетарной политики;

     Становление и развитие финансового рынка в Узбекистане;

     Монетарная политика: стратегия, цели и способы реализации;

     Разработка приоритетных направлений либерализации банковской системы;

По всем этим направлениям своевременно подготовлены отчеты, которые положительно оценены заказчиком.