Для рассмотрения основных вопросов деятельности Академии функционирует Ученый совет на основании Положения об Ученом совете.

В состав Ученого совета Академии входят ректор, проректора, ученый секретарь, заведующие кафедрами, руководители учебно-научных, научно-исследовательских и информационно-аналитических подразделений, ведущие ученые и работники Академии, а также ведущие ученые других учебных и научных учреждений, представители ведущих финансовых и банковских учреждений республики.

Ученый совет Академии:

• решает вопросы учебной, научно-исследовательской и информационно-аналитической работы, подготовки кадров, осуществления международных связей, а также вопросы деятельности филиалов, институтов и других организаций, находящихся в ведении Академии
• утверждает учебные программы, учебные планы и программы отдельных курсов, разработанные с участием заинтересованных организаций
• заслушивает и утверждает структуру, тематику исследуемых проблем и отчеты о проводимой деятельности Центра исследований развития банковско-финансовой системы
• заслушивает отчеты руководителей Академии, ее подразделений
• решает, в установленном порядке, вопросы присвоения сотрудникам Академии из числа преподавательского состава ученых званий доцента и профессора
• присуждает степень почетного доктора Академии